与2004版相比，2016版的主要变化表现为新增了导管内癌新类型，腺泡状腺癌中增加了微囊型和多形性巨细胞腺癌的变异型，以及导管腺癌中增加了PIN样导管腺癌。另外，对前列腺癌的Gleason评分细则进行了修改并提出了一种新的分级分组，前列腺神经内分泌肿瘤中也做了较大的改动。
(一)增加的新类型及新变异型
1.新的组织学类型原位生殖细胞肿瘤(germ cell neoplasia in situ，GCNIS)。GCNIS源于原始生殖细胞，限于精原干细胞龛(spermatogonial niche)，是目前公认的睾丸生殖细胞肿瘤前驱病变。该术语的提出不仅避免了原位癌和睾丸上皮内肿瘤等名称中含有的上皮性含义，而且也避免了IGCNU中的U引起的歧义，同时原位一词限定了病变仅位于精原干细胞龛处。小管内生殖细胞肿瘤超出精原于细胞龛范围，则列入分化类型，在各类生殖细胞肿瘤名称前加上小管内一词命名，代表GCNIS和浸润性生殖细胞肿瘤之间的中间状态，以小管内精原细胞瘤和小管内胚胎性癌最常见。
(二)睾丸生殖细胞肿瘤分类的变化
睾丸生殖细胞肿瘤2004版单纯根据形态学将其分为单纯型和混合型生殖细胞肿瘤，这样分类的结果将明显不同的肿瘤使用同一个术语，导致治疗上过度或不足。2016版认识到即使形态学完全相同的肿瘤如儿童和成人型卵黄囊瘤，其发病机制也明显不同，因此，2016版根据肿瘤与GCNIS的关系分为来源于GCNIS的肿瘤和GCNIS无关的肿瘤。将卵黄囊瘤和畸胎瘤分为青春期前型和青春期后型两类。将皮样囊肿、表皮样囊肿和高分化神经内分泌肿瘤(类癌)列为青春期前型畸胎瘤的高度特化亚型(单胚层畸胎瘤)。体细胞恶性成分只见于青春期后型畸胎瘤。精母细胞性精原细胞瘤在2016版中被命名为精母细胞性肿瘤(图4)，并根据其与GCNIS缺乏相关性并且具有的不同分子特点将其归入非GCNIS相关肿瘤中。增加了消退型生殖细胞肿瘤和弥漫性胚胎瘤等2种亚型。
(三)滋养细胞肿瘤分类变化
以前的WHO分类中，滋养细胞肿瘤被分为绒毛膜上皮癌和非绒毛膜上皮癌性滋养细胞肿瘤，后者以胎盘部位滋养细胞肿瘤(PSTT)为代表。所谓的单向性绒癌被归入非绒毛膜上皮癌性滋养细胞肿瘤中进行讨论。但2016版将其作为绒毛膜上皮癌的一种形态学亚型。另外，非绒毛膜上皮癌性滋养细胞肿瘤进行了扩展，不仅包括PSTT，同时也包括上皮样滋养细胞肿瘤(ETT)和囊性滋养细胞肿瘤(CTT)。CTT主要由空泡状的滋养叶细胞组成，呈线状裂隙状排列，可见嗜酸性物质沉积。基于目前有限的资料，认为以上病变比绒毛膜上皮癌侵袭性低。
