我就是牛皮糖
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楼主  发表于: 2009-04-14 14:50

 amber基础简单小结

管理提醒: 本帖被 cpuhyy 从 分子模拟及设计 移动到本区(2009-05-06)
希望对大家有用
1. 关于整体概括. amber的文件格式有三种最为重要:top, crd and pdb。pdb可以生成top and crd, top and crd也可以转换成pdb,这些都是ascii*****文件,可以手动编辑(这也是DNA+Protein时候有时不得不作的事情,巨大的工作量)。top文件中是拓扑文件,相当于gromacs的top,不过直接把lib的参数搞过来,不要再调用lib了。crd文件是坐标和速度文件,类似于gro文件, pdb不用我说了吧。
2. amber中的概念: 所有的单元从原子,小分子,残基,碱基等等一直到大分子都是unit,熟悉C++,JAVA的朋友想一下object就理解了,amber的xleap的操作就像一个外包体,利用object的独立性进行关联,组合或者分拆object, 实现不同的功能,每一个unit都是独立单元。而标准的氨基酸,碱基就像class,你自己的蛋白就是object。每个class对应多个有自己名字的 object。这些都是在xleap中实现的,xleap就是利用这种关系来导入,修改蛋白或者DNA/RNA。
3. amber自带gaff力场(比gromacs那个网页算的小分子正规多了),适用于大部分有机小分子,当然修改力场文件可以让你获得更多的支持,尤其是特殊的原子比如说卤素,金属原子。电荷是采用的resp拟和,而不是原子的partial charge,这个的优点见JACS的原始文献,不再赘述,主要是考虑极化。
4. 通过xleap搞定了大分子,小分子,水,溶剂离子,跑得时候就是sander了,当然8以后的pmemd是更好的选择,不过只能跑pme方式的动力学。
5. 轨迹文件amber做的不好,太大,没有压缩。断点续跑也不如gromacs,半个坐标的情况时有出现,只见原子叉叉满天飞啊,那叫一个壮观。分析工具首推ptraj(不是我推的,是他们,我个人喜欢carnal),加各种辅助工具可以实现gromacs的各种功能。
6. 优点:上次说过了,轨迹稳定,重复性好,可信度高。有些朋友非要跑出个地动山摇,惊涛骇浪的轨迹,不推荐您使amber,估计等到它跑到那一天,您也毕业了。缺点:真的打算用amber吗,打算跑10ns吗?打算有什么特别有意思的想法吗?恭喜您,您可以考虑买硬盘了。amber的存储量大概是1ns-> 1.5GB, 如果想发一个好一点的文章,阐述一个精细的机理,没有10条轨迹搞不定的,算算是多少硬盘....我的一个题平均120G轨迹。
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    2楼  发表于: 2012-02-26 17:59
    学习到了一些有关该软件的情况!谢谢楼主!
    多学知识,广交朋友!
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